गुप्त राजांच्या काळात (इ. सनाचे पाचवे /सहावे शतक) गणेशमूर्तींची संख्या वाढलेली दसून येते. वात होते. या काळात गणपतीची मूर्ती कशी असावी याची माहिती वराहमिहिराच्या बृहतसंहिता (इ.स. ६ वे शतक) या ग्रंथात देण्यात आलेली आहे. ज्यात तो गजमुख, लंबोदर, परशुधारी असावातसेच त्याच्या हातात मुळा असावा असे नमूद केले आहे. उत्तर भारतात उदयगिरी, अहिच्छत्र, भितरगाव, देवगढ, राजघाट इत्यादी ठिकाणी गुप्त काळातील मूर्ती सापडल्या आहेत. या मूर्तींची वैशिष्ट्ये म्हणजे या गणपतींचे हत्तीचे शीर नैसर्गिक आहे. त्यावर मुकुट अथवा अलंकार नाही.सर्व गणपती डाव्या सोंडेचे आहेत. देवगढ येथील गणेश मूर्तीच्या हातात मोदक पात्र नाही परंतु परशु, मुळा घेतलेला दिसतो. त्याचीच जागा नंतरच्या काळात हस्तिदंताने घेतली. या मूर्तींच्या सोबत उंदीर नाही. या मूर्ती अलंकार विरहित आहेत परंतु नागयज्ञोपवीत मात्र आहे. त्यामुळे बौधायनगृह्य सूत्र ब बौधायन धर्म सूत्र या ग्रंधांमध्ये वर्णन केलेली विनायकाची विशेषणे हस्तिमुख, एकदंत, लंबोदर गुप्तकाळातील या मूर्तीना लागू पडतात. याज्ञवल्क्य स्मृतीमध्ये विनायकाला मुळा, मोदक इ. अर्पण करावेत असे सांगितले आहे.
इसवी सनाच्या सहाव्या शतकात घारापुरी व वेरूळ येथील शैव लेण्यांतून गणेशाच्या मूर्ती कोरलेल्या आपल्याला दिसतात. घारापुरी येथील लेण्यात शिव नटराजाच्या शिल्पपटात गणेश कोरलेले आढळतो इतकेच नाही तर येथील शिव पार्वतीच्या विवाहप्रसंगाच्या शिल्पपटात देखील विविध देवतांसहगणेशाचे शिल्प आढळते.
वेरूळ येथील शैव लेण्यांतून गणेशाच्या मूर्ती कोरलेल्या आहेत. त्यापैकी रामेश्वर लेणे व कैलास लेणे येथील गणेश हा सप्तमातृकांसह आहे. सप्तमातृका विविवध देवांच्या शक्ती ज्यात ब्रह्माणी, माहेश्वरी, कौमारी, वैष्णवी, वाराही, माहेन्द्री व नारसिंही यांचा समावेश होतो.यांनी शिवाला अंधकासूर वधाच्या वेळी मदत केली होती. या सप्तमातृका त्यांच्या बालकांसोबत दाखवतात. तसेच यांच्या सॊबत वीरभद्र आणि गणेशहि दाखवला जातो. ‘सुप्रभेदागम’ या ग्रंथात गणेश सप्तमातुकांसोबत दाखवावा असे सांगितले आहे. या सप्तमातृकांसोबत दाखवल्या गेलेल्या गणेशाच्याअत्यंत सुंदर मूर्ती वेरूळच्या रामेश्वर व कैलास लेण्यात आहेत.
या सप्तमातृकापट्टाचा वापर इथेच ना थांबता नंतरच्या काळात निर्माण होणाऱ्या मंदिरांमध्येही करण्यात आला. इसवि सनाच्या ११ ते १३ व्या शतकात निर्माण झालेल्या अनेक शैव मंदिरांमध्ये मंडपात वीरभद्र गणेशसह सप्तमातृकापट्ट देवकोष्ठात विराजमान असतो. अशा रीतीने शैव पंथातीलपरिवार देवतांमध्ये गणपतीचा समावेश होऊन त्याला पुढील काळात मंदिराच्या मंडपातील देवकोष्ठात स्वतंत्र स्थान मिळालेले आढळते.